BibTeXというのを用いると、参考文献をリスト化したファイルを作っておき、それをTeX本体のファイルから引いてくることで本文中で引いたものだけを参考文献に表示することができます。
この方法は投稿論文を書くときにも便利ですし、出版社によってはこの方法以外はダメ（例えば手打ちで本文に入力するとか）、というところもあるそうです。

cygwinにはTeXがうまくいれられなかったので、ここではwindowsに導入したlatexをコマンドプロンプトから使用していきます、そのうちcygwinでもできるようにしたいんですけど・・・

まず参考文献のリストを書いたファイルを作成します。
以下のような形式のリストをひたすら貼り付けていきます。

@ARTICLE{2007PhRvD..75d3006H,
   author = {{Honda}, M. and {Kajita}, T. and {Kasahara}, K. and {Midorikawa}, S. and
    {Sanuki}, T.},
    title = "{Calculation of atmospheric neutrino flux using the interaction model calibrated with atmospheric muon data}",
  journal = {\prd},
   eprint = {astro-ph/0611418},
 keywords = {Neutrino muon pion and other elementary particles, cosmic rays, Cosmic-ray interactions, Neutrino mass and mixing},
     year = 2007,
    month = feb,
   volume = 75,
   number = 4,
      eid = {043006},
    pages = {043006},
      doi = {10.1103/PhysRevD.75.043006},
   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2007PhRvD..75d3006H},
  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
}

ちなみにこれはノーベル賞を受賞された梶田さんをadsで検索したときに最初に出てきた論文のBibTeXです。
こんな感じで著者名、タイトル、ジャーナル、年など論文についての詳細な情報が記載されています。
このBibTeXのデータはどの分野の方でも大体論文のページに行けばあるはずでしょう、少なくとも<a href="http://www.adsabs.harvard.edu/" target="_blank">ads</a>（NASAの論文データサイト）にはあります。

そんなわけで参照したい論文のBibTeXをコピー、参考文献のリストとしてファイルにどんどん貼り付けていきます。
一通り貼り付けたら適当な名前をつけbib形式で保存してください（reference.bibとか）。

次にtex本体のファイルを用意します。
本文中で参考したいところには以下のようにコマンドを書きます。

～何か適当な文章～\cite{2007PhRvD..75d3006H}。

つまりBibTeXの1行目
@なんちゃら{
の後に続くよくわからん文字列をコピペして貼り付ければおｋ（上の赤文字のところです）。
最後にに参考文献リストを出力したい箇所に以下のように書きます。

\bibiographystyle{jplain}
\bibliography{reference.bib}

\bibliographystyle{}のところでは用いるスタイルファイルを指定します。
ここでは日本語で修論でも書いていることを想定してとりあえずjplainを使っています。

んで、次のコマンドを入力してコンパイルします。
TeX本体ファイルと参考文献のリストファイルを同じフォルダに用意
本体ファイルをtest.texという名前にしているとすると、

platex test.tex
jbibtex test
platex test.tex
platex test.tex
dvipdfmx test.dvi

と一連のコマンドを入力すればpdfファイルができあがるはずです。
いちいち入力するのは面倒なので、スクリプトにでもしておきましょう。

本来の記事の目的にまだ到達していませんが、なんか長くなってきたので次回に続きます。。。