とりま結論から、
■解決策
tightvncのoptions→restrictionsの「Disable clipboard transfer」にチェックを入れてそもそもVNCviewerとクライアントマシン間でのコピペを行わないようにする。
※接続先とクライアントマシンでコピペする必要がない場合のみ

■経緯
共有のlinuxマシンに自席のwindowsからtightvncを使って接続するとコピペが機能したりしなくなったりする？？なんで？？？
とりあえず動きを調査してみる。

linuxでコピー、linuxでペースト → OK
linuxでコピー、windowsでCtrl+V → OK
windowsでCtrl+C、linuxでペースト → NG
windowsでCtrl+C、windowsでCtrl+V → NG

linux <-> windows間がうまくいかないのは、環境をちゃんと整備してないからでなんとなく理解できるが、windows内で完結するコピペすら壊れてんのはどういうこっちゃねん…

幸いにも、VNCviewerつこうてんのは、linuxのGUIソフトを利用する必要があるからに過ぎなかったので、上述の通りクリップボードの設定をoffにすることで対処できた。