cygwinでのpython環境の再構築を行うことになりました。
以前苦労したmatplotlibや結局挫けたまま放置しているscipyのcygwinへの導入も含めて、どうしたもんかと悩んでいたわけですが、、、
anacondaをインストールしてcygwin側で呼びだして使えばいいんじゃないの？？？（windowsからanacondaをいちいち起動するわけではなくて）という天の啓示を受け、従ってみたところこれまで悩んでいたのが嘘みたいに簡単に環境構築できました。

基本的にやることはここを参照でおk
なんですが、リンクが消えたときのために以下に簡単な手順をメモしときます。


とりあえず公式からanacondaインストール
途中のAdd Anaconda to the System Pathにはチェックをいれたままにします。

インストール後、特に何もせずcygwinを開いてwhich pythonすると、cygwin自体に付属してインストールされたpythonのディレクトリが表示されるはず、
これをanacondaのpythonを呼び出すように設定します。

ホームディレクトリの.bashrcを開いて以下の記述を追加
export PATH=アナコンダのパス:$PATH
ここで「アナコンダのパス」のとこにはanacondaをインストールしたディレクトリの場所をいれときます。
でcygwin再起動
もっかいwhich pythonするとアナコンダの場所になっているはずで、これでanacondaのpythonが呼び出せ、またnumpy、scipy、matplotlibも一緒に使うことができます。

しかしこのままpythonを使おうとすると、よくわからんが固まってしまいます。
ここでも同様の現象が報告されていました。

→python -i として-iオプションをつけて起動すればおっけー
毎回つけるのは面倒なので.bashrcに以下の記述
alias python="python -i"

2016/05/01追記：
上記のオプションだとprint出力がうまくいかず、計算ステップの確認ができませんでした。。。
→python -u として-uオプションをつけるほうが良いようです（詳しくはここ参照）。