TeXのdvipdfmxによってpdfを生成すると取り込んだ図(epsファイル)が正しく表示されず、具体的にはその下端が切れてしまっていました。
platexでtexファイルからdviファイルを生成、その時点でdviファイルを確認したところではきちんと表示されていました。

ググって見るとBoundingBoxが負の値を持っていることが悪い、dvipdfmxの仕様の問題など、まあ私にはよく原因はわからなかったのですが、描画領域が大きいepsファイルを取り込もうとするときに発生するようです。

んで対処法ですが、
1.Bounding Boxの調整
2.一旦pdfに変換、再度epsに変換
の二通りがあるようです。

1の方法はepsファイルのBoundingBoxの値をテキストエディタでいじくるだけでは駄目なようで、例えば

GSviewで問題のepsファイルを開く
↓
「Orientation」で「Portrait」を選択
↓
「File」から「PStoEPS」
↓
「Automatically calculate Bounding Box」のチェックボックスにチェックが入っていることを確認、「Yes」を選択
↓
適当に別名で保存

としてBoundingBoxを調整したところうまくいきました。

2の方法は試していませんが、Adobeなどでpdfに変換、再度epsファイルとして出力すればＯＫなようです。