以下の内容は私が現在使用しているcygwinでの設定です。
バージョンや設定が異なる可能性があるので注意して下さい。

コマンドライン上で
emacs : emacs起動
emacs filename : filenameのファイルを開く

Emacs 起動後
Ctrl-x Ctrl-f filename : filenameのファイルを開く、または新たにファイルを作成
Ctrl-x Ctrl-f : カレントフォルダのファイルを表示、そのままファイルを選んで開くことができる
Ctrl-x Ctrl-f ~ : ~の部分にディレクトリとファイル名を指定して別ディレクトリのファイルを開く
Crtl-@ : 現在のカーソル位置から範囲選択開始
Ctrl-w : 選択した範囲をカット
Alt-w : 選択した範囲をコピー
Ctrl-y : コピー or カットした内容をペースト
Ctrl-a : カーソルを行頭へ移動
Ctrl-e : カーソルを行末へ移動
Ctrl-k : その1行のカーソル以降の文をカット
Crtl-/ : 元に戻す
Ctrl-s (文字列) : 文字列を順方向へ検索（C-sを押すたび次の候補を表示）
Ctrl-x Ctrl-s : 現在編集中のファイルを上書き保存
Ctrl-x Ctrl-w : 別名でファイルを保存
Ctrl-x Ctrl-c : Emacs を終了する
Ctrl-c > : 選択範囲のインデントを一括で増やす
Ctrl-c < : 選択範囲のインデントを一括で減らす
Alt-; : 選択範囲を一括でコメントアウト、もしくはコメント解除
Ctrl-v : １ページ下に移動
Alt-v : 1ページ上に移動
Alt-% : 単語を入力して置換
Ctrl-z : emacsを一時停止してターミナルに戻る
→fg (process number) で停止したemacsに戻れる、process numberは jobs コマンドとかで出てきた番号でおｋ（他に何もなければ1）