cygwinには（？）startxするとキーボードの設定がMicrosoft IMEからUSキーボードに変わってしまう現象があります。あるのか？
ググってみるとあるようで、対策も既に打ち出されていました、が根本的な原因を取り除いたわけではないようなので（あくまで日本語キーボードに対応する配列を用意しているらしい）とりあえずこの方法は保留で、というかstartxwinならキーは変わらないっぽいしまあいいや。